まず、結論から言うと、「どっちも正しい」かな。
一般的は「１」の形なんですが、「２」の形式も見たことあります。要は古代は句読点ないから、文自体正しければよろしい。今の「あいうえお」と同じように、「いろは」というのは、実は仮名の配列・順番に過ぎません。
ちなみに、いろは歌というのは、弘法大師が記憶上の便宜のために作った歌とも言われています。（実際はどうだかだれも知らないけど…）私に言われれば、「１」の形は「２」と比べれば遥かに上です。すべての仮名を使うのにもかかわらず、そんな意味深い歌（あるいは詩？）まで作れるなんて、作者に尊敬しますよ。
